1983’teki Saraybosna Süreci, hukuki bir yargılamadan çok bir düşüncenin cezalandırılmasıydı. Aliya ve beraberindeki aydınlar, rejimi yıkmaya teşebbüsle suçlandı; Aliya’ya verilen 14 yıl hapis cezası, devletin İslâmî bilinçlenmeyi nasıl bir tehdit olarak gördüğünü açıkça ortaya koydu.
Aliya, yargılamayı hukukun araçsallaştırılmasının somut örneği olarak değerlendirdi. Hapishane notlarında, kendisine yöneltilen suçlamaların bir düşünürden ziyade hayalî bir örgüt liderine uygun şekilde kurgulandığını vurguladı.
Saraybosna davası uluslararası kamuoyunda geniş yankı uyandırdı. İnsan hakları örgütleri kararı siyasi buldu; Avrupa’daki birçok akademik çevre Aliya’yı “fikir mahkûmu” olarak tanımladı. 25 Kasım 1988’de serbest kaldığında, kamusal hayata artık yalnızca bir düşünür olarak değil, bir lider olarak döndü.