1992’de başlayan saldırılar, Bosna-Hersek’i modern Avrupa’nın en karanlık savaşlarından birinin içine sürükledi. Kuşatma altındaki Saraybosna, keskin nişancı ateşine, bombardımana, açlığa ve sürekli ölüm tehdidine maruz kaldı. Cumhurbaşkanlığı binası bombalanırken dahi Aliya şehri terk etmeyi reddetti; bu kararı teslim olmayışın simgesi hâline geldi.
Birleşmiş Milletler’in silah ambargosu, Bosna’yı ağır silahlar karşısında savunmasız bıraktı. Aliya, ambargonun kaldırılması için uluslararası alanda sesini yükseltti. “Ne askerlerinizi ne de gözyaşlarınızı istiyoruz; yalnızca kendimizi savunmamıza izin verin” sözleri, bu adaletsizliğin özeti oldu.
Birleşmiş Milletler tarafından 1993 yılında “güvenli bölge” ilan edilen Srebrenitsa korumasız bırakıldı. Temmuz 1995’te Sırp güçleri, dünyanın gözleri önünde bölgeye girdi. Günler içinde sekiz binden fazla Boşnak erkek sistematik biçimde katledildi. Bu katliam, İkinci Dünya Savaşı’ndan bu yana Avrupa’da gerçekleştirilen en büyük soykırım olarak tarihe geçti.
Savaşın Bosna’yı tükenme noktasına getirdiği 1995 sonbaharında, Dayton görüşmeleri kusurlu ama savaşı durduran tek seçenekti. Aliya bu gerçeği, “Bu mükemmel bir barış değil ama savaşı durduran bir barış” sözleriyle ifade etti.